Σύμφωνα με τη μυθολογική άποψη που αναφέρεται και από τον Μικρασιάτη περιηγητή Παυσανία το 160 μ.Χ., το όνομα της Μεσσηνίας οφείλεται στην πρώτη βασίλισσά της, Μεσσήνη. Αυτή ήταν κόρη ή κατά μια άλλη εκδοχή αδελφή του βασιλιά του Άργους Τριόπα, γιου του Φόρβαντα. Η Μεσσήνη παντρεύτηκε τον Πολυκάονα, δευτερότοκο γιο του Σπαρτιάτη βασιλιά Λέλεγα. Περήφανη για την καταγωγή της, η Μεσσήνη δεν μπορούσε να ανεχθεί να είναι μόνο η σύζυγος ενός απλού πολίτη, έστω και γιου βασιλιά. Ετσι αφού έπεισε τον Πολυκάονα, συγκέντρωσαν στρατό από το Άργος και τη Σπάρτη και κατάφεραν να κατακτήσουν, τη γειτονική στη Λακωνία γη, που έγινε το βασίλειό τους. Η χώρα πήρε φυσικά το όνομα της φιλόδοξης πρώτης βασίλισσάς της, Μεσσηνία. Μετά το θάνατό της η Μεσσήνη τιμήθηκε ως ηρωίδα στο ιερό του Δία Ιθωμάτα, στην κορυφή της Ιθώμης.
Μια άλλη, ίσως πιο ρεαλιστική άποψη για το όνομα της Μεσσηνίας στηρίζεται στην παρατήρηση ότι, ενώ ο Όμηρος στην Ιλιάδα δεν αναφέρεται στη Μεσσηνία ως ευρεία γεωγραφική οντότητα ή στη Μεσσήνη και τους Μεσσήνιους, στην Οδύσσεια (ραψ. φ' 15 & 18) αναφέρονται αντίστοιχα:
«τω δ’ εν Μεσσήνη ξυμβλήτην αλλήλοιϊν
οίκω εν Ορτιλόχοιο δαΐφρονος. ή τοι Οδυσσεύς
ήλθε μετά χρείος, το ρα οι πάς δήμος όφελλε·
μήλα γαρ εξ Ιθάκης Μεσσήνιοι άνδρες άειραν
νηυσὶ πολυκλήϊσι τριηκόσι᾿ ἠδὲ νομῆας.»
—————
(Κάποτε οι δυο τους ανταμώθηκαν στη Μεσσήνη, στο σπίτι
του εμπειροπόλεμου Ορτίλοχου, επειδή όλη η κοινότητα
χρωστούσε στον Οδυσσέα, που ήλθε για να πάρει πίσω το χρέος·
αφού κάποιοι Μεσσήνιοι είχαν αρπάξει απ᾿ την Ιθάκη τριακόσια
πρόβατα μαζί με τους βοσκούς και τα ’χαν φορτώσει στα πολύκωπα
καράβια).
(Ο Όμηρος αναφέρεται στη συνάντηση του Ίφιτου με τον Οδυσσέα, στη Μεσσήνη, στο σπίτι του Ορτίλοχου. Τότε ο Ίφιτος αντάλλαξε το θεϊκό τόξο του με το δόρυ και το σπαθί του Οδυσσέα).
Σίγουρα η ραψώδηση της Οδύσσειας έγινε μετά την Ιλιάδα και μετά τον Α' Μεσσηνιακό πόλεμο (743-724 π. Χ.). Σ’ αυτήν την περίοδο λοιπόν, πρέπει να αναζητήσουμε και το όνομα Μεσσηνία. Στη Λακωνία, κοντά στα σύνορα με τη Μεσσηνία, υπήρχε η πόλη Μέσση που γύρω της συγκεντρώθηκαν οι Σπαρτιάτες και από εκεί επιτέθηκαν στη γειτονική χώρα. Όταν την κατέλαβαν της έδωσαν το επίθετο Μεσσηνή (χώρα), δηλαδή χώρα που κατακτήθηκε από τη Μέσση. Ο αναβιβασμός του τόνου και η παράλειψη του αυτονόητου «χώρα» έδωσε το όνομα Μεσσήνη.
Σύμφωνα όμως με τις μυθολογικές απόψεις, και η πρωτεύουσα της Μεσσηνίας που δημιουργήθηκε αμέσως μετά την απελευθέρωσή της από τον Θηβαίο στρατηγό Επαμεινώνδα την άνοιξη του 369 π.Χ., οφείλει το όνομά της στη μυθική βασίλισσά της. Η επιλογή της θέσης της νέας πόλης, της Μεσσήνης, είχε βέβαια στρατηγικά κριτήρια αλλά σημαντικό ρόλο σ’ αυτήν έπαιξαν και το ιερό του Ιθωμάτα Δία αλλά και η ανεύρεση εκεί της «παρακαταθήκης του Αριστομένη».
Μετά το 510 π.Χ., οι Μεσσήνιοι υπό τον Αριστομένη, είχαν αποκλειστεί στο πλάτωμα της Είρας, στη βόρεια Μεσσηνία. Μετά την υπόδειξη στον Αριστομένη, του χρησμού της Πυθίας που δόθηκε μετά την ήττα στη «Μεγάλη Τάφρο» και ενός κακού οιωνού από τον μάντη Θέοκλο, αυτός παραδέχτηκε ότι δεν υπάρχει πια σωτηρία για τους αποκλεισμένους Μεσσήνιους και προσπάθησε να σώσει ότι πιο πολύτιμο και ιερό είχαν. Αυτό ήταν ένα λατρευτικό σύμβολο, ένα λεπτότατο έλασμα από κασσίτερο τυλιγμένο σε ρολό, που πάνω του είχε χαραγμένες τις τελετουργικές διατάξεις των μυστηρίων της Ανδανίας. Ένα απόρρητο ιερό αντικείμενο που αν χανόταν, θα χανόταν μαζί του και η Μεσσηνία, αιώνια. Αν όμως αυτό φυλασσόταν τότε, όπως έλεγαν οι χρησμοί, η Μεσσηνία θα ξανασωζόταν. 
Ο Αριστομένης πήρε το έλασμα, το έβαλε μέσα σε μια χάλκινη υδρία και αφού τη σφράγισε, έφυγε από την Είρα τη νύχτα και έφθασε στην κορυφή της Ιθώμης. Εκεί παράχωσε προσεχτικά την παρακαταθήκη του και αφού έτσι εκπλήρωσε το ιερό καθήκον του, επέστρεψε στην Είρα. Περίπου εκατόν τριάντα χρόνια μετά τον Αριστομένη, η χάλκινη παρακαταθήκη βρέθηκε ανάμεσα στις ρίζες σμίλακα (αρκουδόβατου) και μυρτιάς και δόθηκε στον Επαμεινώνδα. Αυτή ήταν η κύρια αιτία της κατοπινής θεμελίωσης και οχύρωσης εκεί της αρχαίας Μεσσήνης το 369 π.Χ. από τον Θηβαίο στρατηγό, απελευθερωτή της Μεσσηνίας.
Η σύνδεση της νέας τότε πόλης με τη θρυλική βασίλισσα έγινε επειδή αποδίδεται σ’ αυτήν, κατά την παράδοση, η δημιουργία, περίπου το 2000 π.Χ., του ιερού του Ιθωμάτα Δία, στην οχυρωμένη από τότε κορυφή της Ιθώμης, στη θέση που βρίσκεται σήμερα η παλιά μονή Βουρκάνου. Η λατρεία του Δία πάνω σε ψηλές βουνοκορφές ήταν συνηθισμένη γιατί αυτός, ως Θεός του φωτός και δημιουργός του αιθέρα, ήταν φυσικό να λατρεύεται σε ηλιόλουστα και ευάερα ύψη.
Κατά την παράδοση και κατά μια παραλλαγή του μύθου, τον νεογέννητο Δία έκλεψαν οι Κουρήτες και τον πήγαν στη βόρεια Μεσσηνία όπου και μεγάλωσε. Την ανατροφή του «θείου-βρέφους» ανέλαβαν οι νύμφες Νέδα και Ιθώμη που το έλουσαν με το νερό της κρήνης Κλεψύδρας. Η Κλεψύδρα πήρε το όνομά της από αυτή την κλοπή του νεογέννητου Δία από τους Κουρήτες. Από την Ιθώμη ο Δίας πήρε και την προσωνυμία Ιθωμάτας. Η βασίλισσα Μεσσήνη «θεοποιήθηκε» από τον 10ο π.Χ. αιώνα και συνέχισε να λατρεύεται για αρκετούς αιώνες μαζί με τον Ασκληπιό και βέβαια τον Δία Ιθωμάτα. Το ιερό, μετά την κάθοδο των Δωριέων, παραμελήθηκε αλλά ξαναβρήκε την αίγλη του αφού καλλωπίστηκε και αναβαθμίστηκε από τον Γλαύκο, γιο του Αίπυτου και εγγονό του Κρεσφόντη. Στο ιερό εκτός από τα υπόλοιπα κτερίσματα και αναθήματα, υπήρχε και ένα φορητό γλυπτό του Αργείου γλύπτη Αγελάδα, που παρίστανε τον Δία σε παιδική ηλικία. Αυτό το γλυπτό φυλασσόταν από τον εκάστοτε ιερέα του Ναού, στο σπίτι του. Οι ιερείς άλλαζαν κάθε χρόνο.
Στα 802 μέτρα της κορυφής της Ιθώμης, εκτός από το ιερό του Ιθωμάτα Δία, υπήρχε σημαντική οχύρωση που αναφέρεται και στο τέλος του πρώτου Μεσσηνιακού πολέμου (743-724 π.Χ.). Τότε οι Μεσσήνιοι, αποκαμωμένοι από τα δεινά του μακροχρόνιου πολέμου, εγκατέλειψαν τις πόλεις τους και υπό τον βασιλιά τους Ευφάη, ανέβηκαν και οχυρώθηκαν στην Ιθώμη. Μετά από κάποιο χρησμό, ο Αριστόδημος από το γένος των Αιπυτιδών, αναγκάστηκε να θυσιάσει την κόρη του για να εξιλεωθούν οι Μεσσήνιοι στους Θεούς. Οι Σπαρτιάτες, μαθαίνοντας την εκπλήρωση του χρησμού, υποχώρησαν.
Ο πόλεμος δεν είχε όμως τελειώσει και σε μία νικηφόρα για τους Μεσσήνιους μάχη, σκοτώθηκε ο βασιλιάς Ευφάης. Μετά από το περιστατικό, ο Αριστόδημος, ο φιλόπατρις τραγικός πατέρας, έγινε ο νέος βασιλιάς της Μεσσηνίας. Οι Μεσσήνιοι, με συμμάχους τους Αργείους, τους Αρκάδες αλλά και τους Σικυώνιους, άρχισαν να νικούν τους Σπαρτιάτες. Ως βασιλιάς ο Αριστόδημος έδειξε γενναιότητα και οδήγησε το στρατό του σε πολλές νικηφόρες μάχες εναντίον των Σπαρτιατών, τους οποίους μάλιστα, ανάγκασε να υποχωρήσουν και πάλι στη Λακωνική. Λίγο αργότερα όμως, οι τύψεις αλλά και ένα όνειρο, τον έσπρωξαν στην αυτοκτονία πάνω στον τάφο της κόρης του.
Οι Μεσσήνιοι, χωρίς τον βασιλιά τους και κατάκοποι από την πεντάμηνη πολιορκία και τον λοιμό που ενέσκηψε στο στρατόπεδό τους, αποχώρησαν από την κορυφή της Ιθώμης μετά από ταπεινωτική συνθήκη. Μερικοί από αυτόύς πήγαν μαζί με τους συμμάχους τους στο Άργος, στη Σικυώνα και στην Αρκαδία ενώ άλλοι με αρχηγό τον Αλκιδαμίδα απέπλευσαν για την ιταλική χερσόνησο. Εκεί εγκαταστάθηκαν στο Ρήγιο, που είχαν χτίσει νωρίτερα άλλοι άποικοι από τη Χαλκίδα. Ομως, οι περισσότεροι Μεσσήνιοι αιχμαλωτίστηκαν και υποχρεώθηκαν να καλλιεργούν τη γη σαν είλωτες και να αποδίδουν το μισό από το εισόδημά τους στη Σπάρτη:
5 «ώσπερ όνοι μεγάλοις άχθεσι τειρόμενοι δεσποσύνοισι φέροντες αναγκαίης υπό λυγρής ήμισυ παντός όσον καρπόν άρουρα φέρει».
Τυρταίος - Αποσπάσματα (Ευνομία)
(Από τα "Μεσσηνιακά" υπό Δημητρίου Χρ. Δουκάκη, σελ. 13)
Οι κατακτητές Σπαρτιάτες αφού κατέλαβαν την κορυφή της Ιθώμης, γκρέμισαν τα τείχη της οχυρής ακρόπολης. Από τα λάφυρα έφτιαξαν δυο χάλκινους τρίποδες που ανέθεσαν στο Ιερό του Απόλλωνα στην πρωτεύουσα της Λακωνικής, τις Αμύκλες. Στο ιερό της κορυφή της Ιθώμης, αναφέρεται ότι αργότερα, έγιναν και οι τρεις εκατομφονίες του Αριστομένη στον βωμό του Δία Ιθωμάτα. Σ’ αυτές τις ανθρωποθυσίες, αναφέρεται ότι ο Αριστομένης θυσίασε συνολικά τριακόσιους αιχμαλώτους, εκατό κάθε φορά και ανάμεσα σ’ αυτούς ως «ιερείον ευγενές» και τον αιχμάλωτο Σπαρτιάτη βασιλιά Θεόπομπο.
Η πόλη της Αρχαίας Μεσσήνης οφείλει την ύπαρξή της στον Θηβαίο στρατηγό Επαμεινώνδα, απελευθερωτή της Μεσσηνίας το 369 π.Χ.. Χτίστηκε με το «Ιπποδάμειο πολεοδομικό σύστημα» που απαντάται και στον Πειραιά αλλά και τη Ρόδο. Αυτό το σύστημα πολεοδόμησης στηρίζεται στην ισονομία και την ισοπολιτεία. Όλοι οι πολίτες είχαν ισομεγέθη οικόπεδα και ελεύθερη πρόσβαση σε όλα τα δημόσια και κοινόχρηστα οικοδομήματα. Ετσι η δομή της πόλης απέπνεε αέρα δημοκρατίας και σ’ αυτήν κατοίκησαν πολλοί επαναπατρισθέντες Μεσσήνιοι, που οι οικογένειές τους είχαν φύγει στη διάρκεια των Μεσσηνιακών πολέμων. Ο Επαμεινώνδας έπεισε πολλούς από αυτούς να επιστρέψουν στη γη των προγόνων τους και αυτοί μαζί με άλλους Μεσσήνιους και λίγους Αρκάδες έγιναν οι πρώτοι οικιστές της νέας πόλης. Κατά την προετοιμασία της ανοικοδόμησης της πόλης, όπως αναφέρει ο Παυσανίας ( Μεσσηνιακά IV, 27), οι Μεσσήνιοι πρόσφεραν θυσίες στον Ιθωμάτα Δία, στους Διόσκουρους, στη Δήμητρα και την Κόρη (Περσεφόνη) όπως και στον Καύκωνα, τον ιδρυτή των μυστηρίων της Ανδανίας.
Η επιλογή της θέσης της νέας πόλης έγινε κυρίως με στρατηγικά κριτήρια. Η οικοδόμηση μεγάλων οχυρών πόλεων κοντά στη Σπάρτη είχε ιδιαίτερη σημασία για τους Μεσσήνιους, αφού με ισχυρές πόλεις στα σύνορά τους θα αποδυνάμωναν κάθε επεκτατική βλέψη των Σπαρτιατών. Η Ιθώμη βρίσκεται ανάμεσα στις δυο πεδιάδες της Μεσσηνίας. Τη Στενύκλαρο στο βορρά και τη Μακαρία στο νότο. Είναι φυσική οχυρή θέση, που μετά την ανέγερση και τη μεταγενέστερη συμπλήρωση των οχυρώσεων και του περιμετρικού τείχους της, έγινε σχεδόν απρόσβλητη.
Ανάμεσα σε προσευχές, θυσίες και μουσικές από τους αργείους αυλούς, σε μελωδίες του Σαμάδα και του Προνόμου, ο Επαμεινώνδας επικαλέστηκε τους ήρωες και έδωσε το όνομα της πόλης, Μεσσήνη.